协同创新中心设立理事会、学术委员会和管理委员会。协同创新中心实行理事会领导下的主任负责制。设主任2名（轮值，每届2年），副主任若干名。主任由院士担任，面向海内外公开选聘，由理事会聘任。副主任由主任提名，报理事会核准，具体分工由主任确定，副主任直接对主任负责。中心首届主任由彭苏萍院士担任。

理事会

理事会是协同创新中心的战略决策机构，由中国煤炭工业协会有关领导、协同体成员单位负责人组成，负责协同创新中心的战略咨询及其他重大事项的决策和协调。

理事长：王显政

副理事长：张玉卓　邹放鸣杨仁树

理事：王安、姜智敏、郭金刚、王社平、王金华、葛世荣、乔建永、施卫祖、朱凤山、刘峰、邱江、潘一山、苏三庆、颜事龙、任廷琦、邹友峰、刘德顺、张文栋、杨庚宇