南京医科大学坚持需求导向，通过深化医教协同，深化校府合作和深化协同创新，不断提升服务社会水平。
深化医教协同，推动医学教育改革发展。通过机制创新、平台共建、文化融合等路径强化学校和附属医院一体化发展,学校在全国率先探索实施临床医学、口腔医学专业学位研究生教育与住院医师规范化培训双向接轨，设立本科生教改实验班，探索“5＋3”临床医学人才培养新模式。主动对接地方医疗需求，组建康复医学院，恢复精神医学、儿科医学专业招生。
深化校府合作，提升服务区域医疗水平。学校利用自身人才、技术、管理等方面的优势和经验，与南京市江宁区、浦口区政府合作建设附属医院。在双方共同努力下，附属逸夫医院运行良好，第四附属医院建设有序推进。学校与连云港市政府共建康达学院，培养当地急需的医药、护理人才。与无锡、镇江、泰州、扬州等地方政府共建健康产业，与淮安市政府共建苏北医学研究院，促进区域卫生健康协调发展并探索建立医养结合新模式。
深化协同创新，提高服务卫生健康能力。学校组建江苏转化医学研究院，积极申报“国家新药成果转移转化示范区”。与东南大学、扬子集团合作建设医疗大数据应用技术国家工程实验室。心血管病转化医学、肿瘤个体化医学协同创新中心先后成为省级协同创新中心。建设“健康江苏建设与发展研究院”，作为江苏卫生领域唯一省级智库为全省卫生政策规划和咨询提供服务。